Arrêt maladie : fin de la tolérance d'indemnisation des jours non prescrits en cas de prolongation
Depuis le 1er septembre 2024, la CNAM a modifié sa doctrine concernant la gestion des jours d’arrêts non prescrits, soit en général les samedi et dimanche, si une prolongation d’arrêt de travail ne suit pas immédiatement un arrêt précédent.
Dorénavant, toute période sans prescription médicale entre deux arrêts de travail n’est plus indemnisée, quelle que soit sa durée, et même si elle fait ensuite l’objet d’une prolongation.

Rappel des règles antérieures
Rappelons qu’avant le 1er septembre 2024, la prescription de l’arrêt de travail en prolongation était bien prise en compte même si elle ne couvrait pas les 2 jours du week-end et le lundi. Ces journées étaient indemnisables.
Si une prolongation ne suivait pas immédiatement un arrêt précédent, l’absence de prolongation était comblée si la période non couverte comptait :
- 1 jour (férié ou non férié) ;
- 2 jours (week-end) ;
- 2 jours (1 jour de week-end + 1 jour férié ou non) ;
- 2 jours (1 jour férié + 1 jour non férié) ;
- 3 jours (2 jours de week-end + 1 jour férié ou non).
Ce changement de doctrine est précisé sur le site internet de la CNAM, à la fin de la fiche « Indemnités journalières maladie : conditions d'obtention, calcul et modalités de versement » mise à jour en dernier lieu le 25 mars 2025, sans plus de détails.
Certaines CPAM ont néanmoins apporté des précisions que vous trouverez ci-après.
Interruption inférieure ou égale à 2 jours calendaires
Dès lors que l’interruption est inférieure ou égale à 2 jours calendaires, les règles applicables pour la période de prolongation sont :
• si la prescription de la prolongation de l’arrêt de travail est cochée initiale :
- pas d’indemnité journalière ni d’indemnité complémentaire en l’absence d’arrêt de travail couvrant la période entre les deux arrêts ;
- application d’un nouveau délai de carence de 3 jours ;
- une nouvelle attestation de salaire doit être réalisée.
• si la prescription de la prolongation de l’arrêt de travail est cochée prolongation :
- pas d’indemnité journalière ni d’indemnité complémentaire en l’absence d’arrêt de travail couvrant la période entre les deux arrêts ;
- pas de nouveau délai de carence de 3 jours ;
- il n’est pas nécessaire de fournir une nouvelle attestation de salaire.
Interruption supérieure ou égale à 3 jours calendaires
Dès lors que l’interruption entre l’arrêt de travail initial et la prolongation de l’arrêt est supérieure ou égale à 3 jours calendaires, ce sont les règles classiques d’indemnisation des arrêts maladie qui s’appliquent pour la période de prolongation quelle que soit la prescription cochée par le médecin (initiale ou prolongation) :
- pas d’indemnité journalière ni d’indemnité complémentaire en l’absence d’arrêt de travail couvrant la période entre les deux arrêts ;
- application d’un nouveau délai de carence de 3 jours ;
- une nouvelle attestation de salaire doit être réalisée.
Quelles conséquences en DSN ?
Jusqu’à présent, en cas de prolongation d’arrêt, en DSN, il ne fallait jamais envoyer de nouveau signalement de nature « arrêt de travail ». Il suffisait en effet de déclarer la nouvelle date de fin de l’arrêt en DSN mensuelle, au niveau de la rubrique « Date de fin prévisionnelle - S21.G00.60.003 » pour l’individu considéré (net entreprises, fiche n° 1983).
Compte tenu des précisions apportées par la CPAM, cette absence de nouveau signalement semble désormais être réservé au cas où l’arrêt de travail est bien coché « prolongation » et où les deux arrêts ne sont pas interrompus par une période supérieure à 2 jours.
